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技術(shù)專欄

生物數(shù)據(jù)分析

基因芯片數(shù)據(jù)量已經(jīng)超過客戶分析范圍,均需要借助一些專業(yè)軟件來進行統(tǒng)計分析。如何能夠挖掘大數(shù)據(jù)量?獲得更優(yōu)質(zhì)的數(shù)據(jù)分析結(jié)果呢?我們建立專題來進行討論。

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測序??峰圖轉(zhuǎn)化  Phred/Phd2Fasta ;載體屏蔽  cross_match 36序列聚類拼接;引物設(shè)計 Primer3

序列的比對

全局比對 ??Clustalw ;MUSCLE ;HMMER

局部比對 ??Blast ;blat ;blastz ;GeneWise ;Fasta ;Exonerate ;Sim4

重復(fù)序列分析??RepeatMasker;Trf ;LTR_STRUC

RNA ??Glimmer ;GlimmerM ; Genscan ;TwinScan ; BGF ;Fgenesh ; InterproScan ; WEGO

SNP分析 ??Polyphred ;SNPdetector ;cross_match

進化分析專題??Phylip ;Paml ;KaKs_Calculator ; FGF ;mega

基因表達分析專題 ??EST(Expressed  Sequence  Tag)表達序列標簽分析; EST分析流程;EST  Pipeline(BEP)

生物芯片(Microarray)分析??Motif預(yù)測 ;MEME/MAST系統(tǒng); MDScan

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測??Threading方法

 

生物學(xué)相關(guān)網(wǎng)址

功能基因組分析

Transcription profiling  technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology  ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML

GeneFiltersTM(Research Genetics)??http://www.resgen.com

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com

AtlasTM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com 

BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Primer3(PCR引物設(shè)計??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

多種數(shù)據(jù)庫、分析工具和生物信息學(xué)機構(gòu)??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools

多種數(shù)據(jù)庫和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/ 

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